Республиканское государственное предприятие «Қазақстан темiр жолы» было создано постановлением Правительства Республики Казахстан от 31 января 1997 года № 129 «О реорганизации предприятий железных дорог Республики Казахстан» путем слияния республиканских государственных предприятий: Управления Алматинской железной дороги, Управления Целинной железной дороги и Управления Западно-Казахстанской железной дороги. Целью слияния являлись оптимизация структуры управления перевозочным процессом и ликвидация излишних звеньев, финансово-экономическое оздоровление железнодорожной отрасли.
Постановлением Правительства Республики Казахстан от 15 марта 2002 года № 310 «О создании закрытого акционерного общества «Национальная компания «Қазақстан темір жолы» образовано закрытое акционерное общество «Национальная компания «Қазақстан темір жолы» путем слияния Республиканского государственного предприятия «Қазақстан темiр жолы» и его дочерних государственных предприятий.